El juego se sitúa en un futuro cercano, donde la línea entre el mundo real y el digital es difusa e iniciar sesión en el ciberespacio es algo de todos los días. En las sombras, hackers oscuros aprovechan virus de computadoras llamados Digimon para realizar crímenes y estafas. Marcado y acusado de estafas, Keisuke Amazawa se ve obligado a entrar en el mundo virtual para limpiar su nombre, probar su inocencia y por sobre todo: proteger a las personas que más ama.